集團化辦學對促進教育均衡發展、實現教育公平優質發展起著重要作用。在集團化辦學的實踐過程中，也面臨一些具體挑戰，比如集團內成員學校辦學特色缺失問題，成員學校師資與外部治理主體的融合問題，集團化辦學推進失序問題，優質學校參與集團化辦學意愿不強問題等。集團化辦學的根本目的，是為人民群眾提供越來越豐富、優質的教育資源，這需要政府及其他辦學主體正視集團化辦學中的種種挑戰，理順集團化辦學中的若干重要關系，精準施策，為促進教育均衡充分發展提供有效支撐。
處理好辦學傳統與辦學特色之間的關系。集團化辦學的主要特征之一就是龍頭學校向成員學校輸出辦學標準，這是促進成員學校快速發展的根本保證。但由于龍頭學校的強勢進入，成員學校自身的辦學歷史和辦學特色受到“遮蔽”，容易出現千校一面、校校同質的問題。處理好這對矛盾，可以從以下方面入手。
吸收、移植龍頭學校的文化傳統和辦學經驗。龍頭學校大都是本地區歷史悠久、辦學質量好、群眾認可度高的學校，其辦學策略和路徑經過了長期檢驗。龍頭學校積淀而來的文化傳統和辦學經驗是集團化辦學的寶貴資源，成員學校應當大力吸收，必要時可以整體移植、系統推廣。
尊重、弘揚成員學校的固有辦學特色。成員學校處于學習者地位，容易失去凝練辦學特色的話語權。在辦學特色的生成和弘揚過程中，龍頭學校要有和而不同的境界，成員學校要有尊重歷史、一以貫之的定力。
處理好外部治理力量輸入與內部人才培育之間的關系。無論是何種集團化辦學的運行模式，成員學校一定會有外部治理力量的輸入，其內部的人力資源系統會被重組，可能導致成員學校產生抵觸力量。為理順這對矛盾，可以采取如下措施。
合理采用理事會治理、董事會治理、托管委員會治理等多種集團化辦學治理模式，從整體上保證辦學集團的和諧，也保持各成員學校的相對獨立，實現外部治理力量和內部人員的相對平衡。
以培育成員學校優秀師資為主要抓手。無論成員學校是新建學校還是薄弱學校，都不可能完全或大量從龍頭學校引入師資。因此，培育成員學校的優質師資是集團化辦學的重中之重，是決定辦學成敗的關鍵之舉。
促進辦學集團內部人力資源的合理流動。一方面，龍頭學校的治理力量進入成員學校，能夠發揮鲇魚效應，激發成員學校人力資源的活力。另一方面，通過整體設計，以跟崗學習、互派交流、影子教師（校長）、短期頂崗等方式，促進集團間管理人員、教學人員、服務人員的多維互動，從而促進成員學校人力資源的快速優質化。
處理好龍頭學校優勢發展與成員學校快速優質化之間的關系。在集團化辦學實踐中，往往存在快速辦好一所學校、加速辦好更多學校的驅動力，但如果把握不好規律和節奏，容易導致龍頭學校監控和指導乏力，甚至喪失自身優勢，出現空心化。可以考慮從以下方面入手解決這一矛盾。
集團化學校數量擴張要平穩有序。辦教育是一種慢功夫，往往欲速則不達，不能貿然追求數量而忽視質量要求。要充分考慮地緣關系、區位交通、師資匹配等因素，在取得各方認可的辦學成效之后，才可吸收新的辦學成員。
建立周期化的集團化辦學契約關系。除了固定品牌授權、民辦直屬學校集團等特例外，基礎教育階段的集團化辦學不應該是無固定期限的。集團化辦學解決的是階段性教育質量不均衡問題，其內部成員間的締約關系也可以是周期化的。通過三年、五年或更長時間的培育，成員學校達到了優質的目標，或因不可抗力，均可解除集團化辦學的契約關系。這樣，龍頭學校有更多的資源優勢和選擇空間，便于培育其他需要優質發展的薄弱學校或新建學校。
從成員學校中培育新的集團化辦學母體。有些成員學校辦學起點高，雖然接受龍頭學校的培育和指導，但通過一定周期，可以達到甚至超越原龍頭學校的水平。也有些薄弱學校通過集團化辦學逐步夯實優質教育資源基礎，在一定區域內具備了辦學的相對優勢。這些成員學校可以適時從集團學校中分離，以自己為龍頭，成為新的集團化辦學母體，從追隨者蛻變為領跑者。
處理好激勵機制與辦學質量不易測量之間的關系。從全國各地的集團化辦學實踐來看，大都配套以相應的獎勵激勵政策。但教育具有延時性，集團化辦學的效果往往數年甚至更長時間后才能完全顯現出來。要充分激發集團化辦學各主體的積極性，需要處理好激勵機制與辦學質量難以測量之間的矛盾。
采取基礎性補貼與獎勵性評價相結合的方式，對集團化辦學的派出人員給予鼓勵，以解除其后顧之憂。建立集團化辦學的獎勵性制度，讓集團化辦學的相關方能夠多勞多得、優質優酬。
嘗試捆綁式評價。將集團化辦學的治理力量和成員間組成利益共同體，在績效方面適度捆綁，讓集團內部同心同德、同向同行。
建立容錯試錯機制。在不違反國家現行財務制度的前提下，按照權責統一的原則，給予集團內部相應的辦學經費管理權，允許其運用經濟手段配置教育資源，重構集團內部分配機制，從而提升教育質量。
作為實現教育均衡充分發展的重要辦學模式，集團化辦學將在一定時期內大力推廣。處理好實踐過程中的幾對重要關系，高質量推進基礎教育階段集團化辦學，有助于破解城鄉之間、區域之間、公民辦教育之間以及不同辦學層次之間的發展難題。
